¿Qué genomas vamos a analizar con el proyecto?

Para decidir qué dos cultivos celulares seleccionar para trabajar con Genigma, presentamos el proyecto al conjunto de investigadores del CRG y consultamos con ellos las mejores opciones.
Los cultivos más votados fueron la T47D y HAP1 y serán los que usaremos para empezar.

Las células de T47D serán nuestra prioridad. Son una de las más utilizadas en el Proyecto 4D Genome, un proyecto ERC concedido a cuatro grupos de investigación del CRG para estudiar, desde diferentes perspectivas, como cambia la conformación 3D de la cromatina dentro del núcleo celular durante las etapas del desarrollo embrionario. Un ejemplo de investigación llevada a cabo con estas células es la de los laboratorios de François Le Dily y Miguel Beato: utilizando la acción de las hormonas esteroides en las células T47D, descubrieron como las células eucariotas responden a señales externas y, específicamente, como se traducen las señales en el núcleo y se modulan la estructura de la cromatina y la expresión génica. (ref. 1).

Posteriormente, haremos el análisis de HAP1. La principal ventaja es que se trata de células casi haploides, es decir, tienen una sola copia de cada uno de los cromosomas, y no dos o más copias como de costumbre de cada cromosoma. Esto hace que las células HAP1 sean un excelente candidato para las primeras etapas de Genigma, por la facilidad que ofrecen de cara a obtener un mapa del genoma. Es una línea celular utilizada por el nuevo grupo de Investigación liderado por Eva Novoa en el CRG, donde investigan, entre otros cosas, el papel de las modificaciones de RNA en las enfermedades, la plasticidad sinàptica y la herencia transgeneracional.

Créditos:
Imágenes recuperadas y adptades desde los depósitos ATCC lgcstandards-atcc.org/ y Horizon horizondiscovery.com/hell line. Las dos páginas web consultadas el 7 de mayo de 2019. Una parte del texto se ha adaptado de las entradas de la Viquipèdia para T47D y HAP1. Tarjetas creadas con https://mtgcardsmith.com/mtg-card-maker/

Referencias: Le Dily, F et al. Hormone-Control Regions Mediate Steroid Receptor-Dependent Genome Organization. Genome Res 29 29-39. 01/01/2019.http://dx.doi.org/10.1101/gr.243824.118