Quins genomes volem analitzar amb el projecte?
Per tal de decidir quins dos cultius cel·lulars seleccionar per treballar amb Genigma, vam presentar el projecte al conjunt d’ investigadors del CRG i vam consultar amb ells les millors opcions.
Els més votats van ser la T47D i HAP1 i serán els que farem servir per començar.
Les cèl·lules de T47D seran la nostra prioritat. Són una de les més utilitzades en el projecte 4D Genome, un projecte ERC concedit a quatre grups de recerca del CRG per estudiar, des de diferents perspectives, com canvia la conformació 3D de la cromatina dins del nucli cel·lular durant les etapes del desenvolupament embrionari. Com a exemple, utilitzant l’acció de les hormones esteroides en aquestes cèl·lules T47D, els científics dels laboratoris de François Le Dily i Miguel Beato van explorar com les cèl·lules eucariotes responen a senyals externes i, específicament, com es tradueixen els senyals al nucli i modulen l’estructura de la cromatina i l’expressió gènica. (ref. 1).
Posteriorment, farem l’anàlisis de HAP1. El principal avantatge és que són cèl·lules gairebé haploides, és a dir, tenen una sola còpia de cadascun dels cromosomes, i no dues o més còpies com de costum de cada cromosoma. Això fa que les cèl·lules HAP1 siguin un excel·lent candidat per a les primeres etapes de Genigma, per la senzillesa que permet obtenir un mapa de seu genoma. Es tracta d’una línia cel·lular utilitzada també pel nou grup de recerca liderat per Eva Novoa al CRG, on investiguen, entre d’altres coses, el paper de les modificacions d’RNA en les malalties humanes, la plasticitat sinàptica i l’herència transgeneracional.
Crèdits:
Imatges recuperades i adptades des dels dipòsits ATCC lgcstandards-atcc.org/ i Horizon horizondiscovery.com/hell line. Les dues pàgines web consultades el 7 de maig de 2019. Una part del text s’ha adaptat de les entrades de la Viquipèdia per a T47D i HAP1. Targetes creades amb https://mtgcardsmith.com/mtg-card-maker/
Referències: Le Dily, F et al. Regions de control de les hormones Organització genòmica de receptors-dependents d’esteroides. Genoma Res 29 29-39. 01/01 / 2019. http: //dx.doi.org/10.1101/gr.243824.118
