Quali genomi saranno analizzati con il progetto?

Per decidere le prime due linee cellulari da studiare con Genigma, abbiamo chiesto l’opinione dei ricercatori del CRG e valutato le diverse opzioni proposte.

Le linee più votate sono state T47D e HAP1 e saranno quelle che useremo per la fase iniziale.

Di fatto, le cellule T47D saranno la nostra priorità. Sono tra le più utilizzate per il  4D Genome Project, un progetto europeo assegnato a quattro gruppi di ricerca del CRG per studiare, da angolazioni diverse, come cambia la conformazione 3D della cromatina all’interno del nucleo cellulare(Le Dily et al.).

Successivamente, faremo l’analisi dell’HAP1. Il loro vantaggio principale è che sono cellule quasi aploidi, cioè hanno una sola copia di ogni cromosoma e non due o più copie come di solito ha ogni cromosoma. Questo rende le cellule HAP1 un caso relativamente semplice per i primi studi da condurre in Genigma.

Crediti:

Immagini recuperate e adattate dai repository ATCC lgstandards-atcc.org/ e Horizon horizondiscovery.com/hell line. I due siti web consultati il 7 maggio 2019. Una parte del testo è stata adattata dalle voci Wikipedia per T47D e HAP1. Carte create con https://mtgcardsmith.com/mtg-card-maker/

Riferimenti: Le Dily, F et al. Hormone-Control Regions Mediate Steroid Receiver-Dependent Genoma Organization. Genoma Res 29 29 29-39. 1/01/2019.http://dx.doi.org/10.1101/gr.243824.118