Noves proves i regions “Eureka!”

Mentrestant que els desenvolupadors continuen el seu treball, el nostre equip de recerca està provant contínuament el joc per verificar la seva funcionalitat. Sempre utilitzant la línia de cèl·lules no canceroses GM12878, ara estem fent noves proves amb els cromosomes 1, 20 i 21.

Hem començat a preparar un primer gràfic que permet il·lustrar visualment els resultats de les proves. Aquí teniu un exemple de l’anàlisi dels jocs realitzats amb el cromosoma 21.

L’idiograma rectangular representa el nostre cromosoma, dividit en regions de colors segons les seves característiques funcionals. A la figura es pot veure una secció vermella i una secció blava: formen part de la regió cromosòmica central (anomenada centròmer) que normalment conté moltes seqüències repetides.  Altres regions estan en diferents escales de grisos, que indiquen la densitat dels gens. Les regions terminals del cromosoma (anomenat telòmers) també acostumen a  riques en seqüències repetides.

Per sota de l’ideograma hem representat (en groc) l’histograma del nombre de jocs jugats per a cada regió del cromosoma: els pics indiquen que per a aquesta prova ens hem centrat en l’estudi de regions específiques, i en concret a aquelles properes al centròmer, ja que és en aquestes zones on els algoritmes no són molt precisos en la reconstrucció.

Per sobre de l’idiograma del cromosoma hi ha dos nivells d’informació superposats: els punts blaus indiquen la puntuació de cada jugador, en relació amb el resultat de l’algorisme, i les bandes verticals indiquen si les regions corresponents del cromosoma es van resoldre amb poca (blanca) o molta (verda) precisió. Per tant, podríem dir que les regions blanques són les que necessiten més anàlisi, i les verdes, les que es poden considerar resoltes,.

Ara bé, el que volem destacar són els punts vermells, en correspondència amb la banda vertical verda brillant: aquests indiquen que aquesta regió específica ha estat resolta molt bé pels jugadors i és més probablement una regió “Eureka!”.
En aquestes regions identificades pels jugadors, l’equip d’investigadors durà a terme una anàlisi més precisa per obtenir més resultats.

En el cas d’aquest cromosoma també podem veure que les regions properes al centròmer (rectangle vermell) són les més interessants.

És possible mostrar clarament, en una sola imatge, un conjunt complex d’informació?
En aquest període d’alerta sanitària hem après que les gràfiques no sempre són fàcils d’interpretar, fins i tot per a experts. Per això, en les properes setmanes ens reunirem amb grups seleccionats de ciutadans per treballar en la presentació dels resultats del joc, amb l’objectiu de poder arribar al públic de la manera més senzilla i clara possible.